Segundo a história mais recente, Lagos foi conquistada definitivamente aos mouros no ano de 1249 por D. Paio Peres Correia, sendo o ano de 1266 apontado como a data em que Lagos recebeu o primeiro foral, atribuído por D. Afonso III.
No entanto, foi no reinado de Afonso IV que Lagos se afirmou, precisamente com a reconstrução das muralhas da praça e com a vinda para a cidade do governo militar do Algarve. 
A 5 de Janeiro de 1361, no reinado de D. Pedro I, Lagos passa a Vila e Concelho com jurisdição própria. Até esta data estava sob o comando do Bispo de Silves que o havia recebido por doação do rei de Castela. Lagos revela-se com bastante importância, em 1415, no reinado de D. João I, em virtude dos Descobrimentos Portugueses. Os lacobrigenses, Lourenço Gomes e António Gago partiram de Lagos à descoberta de novas paragens, tendo em 1419 descoberto a Ilha da Madeira. De Lagos partia também, mas em 1434, no reinado de D. Duarte, o navegador Gil Eanes, para dobrar o Cabo Bojador. A partir desta altura, Lagos tornava-se um ponto de escala obrigatória para quase todos os navios.
Lagos é elevada a categoria de cidade em 27 de Janeiro de 1573, pela mão do Rei D. Sebastião. O monarca terá ficado impressionado com o acolhimento das gentes de Lagos. A sede do Bispado é transferida de Silves para Lagos, que se torna a capital de todo o Algarve, passando a ser a residência de Capitães Generais e Governadores deste Reino. 
A história de Lagos esteve desde sempre ligada ao mar e às actividades marítimas, sendo ponto de encontro de rotas internacionais. 0 séc. XV é o século de ouro de Lagos. Durante cerca de quarenta anos, a cidade, devido à sua localização frente a África, torna-se porto de partida e chegada das naus que, ano após ano, iam descobrindo a costa desse continente. Centro do comércio dos produtos exóticos, do marfim, ouro e prata trazidos de África, Lagos vê edificarem-se novas igrejas, aumentar o número de casas, crescer o número de comerciantes e de banqueiros nacionais e estrangeiros.
D. Henrique escolheu Lagos para armar as Caravelas que cruzaram os mares em busca de novas terras. Integrada na pré-história da extremidade sudoeste do Algarve, a área do concelho de Lagos é habitada desde tempos recuados, como o demonstram diversas estações arqueológicas. O primitivo nome da cidade - Lacóbriga - aponta para uma origem celta, cerca de 2.000 anos a. C., sendo, durante um largo período, porto frequentado por fenícios, gregos e cartagineses. O terramoto de 1755 e o maremoto que se lhe seguiu destroem grande parte da cidade que, só a partir de meados do séc. XIX, com a indústria de conservas de peixe e o comércio, inicia a recuperação da sua prosperidade. Apesar do terramoto de 1755 ter provocado grandes estragos, Lagos conservou nas suas ruas e praças muito do encanto de uma cidade secular.
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